病原微生物是指可以侵人體，在宿主中生長繁殖、釋放毒性物質(zhì)等引起機體不同程度病理變化、發(fā)生感染的微生物，包括細菌、病毒、真菌、寄生蟲、衣原體、支原體等。病原微生物檢測并非新領(lǐng)域，基于病原學證據(jù)的抗感染一直都是臨床診療的'金標準'。如果能盡早識別致病病原、啟動恰當?shù)目垢腥痉桨缚筛纳苹颊哳A后，尤其是重癥感染者。病原微生物檢測在感染判定中意義重大，越來越多的檢測技術(shù)引入臨床，除了傳統(tǒng)的檢測方法如涂片染色、培養(yǎng)分離、免疫學技術(shù)、核酸檢測等，還有新興的二代測序技術(shù)(Next-generationsequencing，NGS)等。

　　傳統(tǒng)的病原微生物檢測方法：

　　傳統(tǒng)的病原微生物學實驗室檢查以染色、培養(yǎng)、生化鑒定等為主，將標本直接涂片染色鏡檢和接種在培養(yǎng)基上進行分離培養(yǎng)是對細菌或真菌感染性疾病進行病原學診斷的常用方法。

　　1、直接涂片鏡檢病原微生物體形體積微小，大多無色半透明狀，將其染色后可借助顯微鏡觀察其大小、形態(tài)、排列等。直接涂片染色鏡檢簡便快速，對那些具有特殊形態(tài)的病原微生物感染仍然適用，例如淋球菌感染、結(jié)核分枝桿菌、螺旋體感染等的早期初步診斷。直接涂片鏡檢不需要特殊的儀器和設備，在基層實驗室里仍然是十分重要的病原微生物檢測手段。

　　2、分離培養(yǎng)與生化反應分離培養(yǎng)主要用于臨床標本(如血液、痰、糞便等)或培養(yǎng)物中有多種細菌時對某一種細菌的分離。細菌的生長繁殖需要一定時間，檢測周期較長，不能同時處理批量樣本。為解決這一問題，各種自動化培養(yǎng)和鑒定系統(tǒng)不斷產(chǎn)生，傳統(tǒng)鑒定方法也在逐步改進，大大加快了檢驗速度。例如MicroscanWalLCAway全自動微生物分析儀，可同時做細菌鑒定和藥敏試驗，檢驗500多個菌種?？琉B(yǎng)菌如肺炎鏈球菌、淋病奈瑟菌、流感嗜血桿菌等對營養(yǎng)要求比較高，常規(guī)培養(yǎng)陽性率低。雍剛等將不要同比例的葡萄糖、玉米淀粉、生長因子、酵母粉、氨基酸等特殊增菌劑加入到巧克力培養(yǎng)基中制成了新型淋病奈瑟菌培養(yǎng)基，大大提高了淋病奈瑟菌的分離培養(yǎng)率。蘇盛通等在營養(yǎng)瓊脂中加人了中藥紅棗、赤小豆培養(yǎng)甲型鏈球菌、乙型鏈球菌、肺炎鏈球菌等細菌，生長指數(shù)明顯高于血平板。

　　3、組織細胞培養(yǎng)活組織細胞培養(yǎng)適于專營活組織細胞內(nèi)生存的病原體，包括病毒、立克次體、衣原體等。不同病原體敏感的組織細胞是不一樣的，將活細胞從病原體敏感的動物組織中取出在體外進行原代培養(yǎng)或用病原體敏感細胞系進行傳代培養(yǎng)，再將病原體接種于相應的組織細胞中后，病原體可在其中繁殖增長，引起特異性的細胞病變效應。也可以將病原體直接接種于敏感動物體內(nèi)，引起相應組織器官出現(xiàn)特異的病理學改變。往往可以根據(jù)這些特異的病變對病原體進行鑒定。